Im März 1781 besucht Wolfgang Amadé Mozart die Kaiserstadt Wien zum vierten Mal. Er beschließt zu bleiben und den Schritt in die Selbstständigkeit zu wagen. Die weltoffene, vom Geist der Aufklärung geprägte Atmosphäre in der Donaumetropole begeistert Mozart: Wien sei der beste Platz für sein Metier, und Schüler könne er hier haben, so viele er wolle, schreibt er an seinen Vater. Mozarts Jahre in Wien sind beruflich wie persönlich turbulent. Hier verliebt er sich in Constanze Weber, die er im August 1782 im Stephansdom heiratet. Sechs Kinder kommen zur Welt, von denen allerdings nur zwei das Säuglingsalter überleben. Elfmal zieht die Familie Mozart in nur zehn Jahren um. Es gibt finanziell unbeschwerte, aber auch sehr schwierige Phasen. Nur Mozarts enormes Arbeitspensum bleibt davon unberührt. Die Hälfte seines Gesamtwerks entsteht in Wien, fast alle Opern, darunter »Die Zauberflöte«, die drei bekanntesten Sinfonien und das Requiem.
Die Dokumentation »Mozart in Wien« erzählt die Geschichte des großen österreichischen Komponisten im Spiegel der Wiener Geschichte, die geprägt ist von den tief greifenden politischen und gesellschaftlichen Reformen des frisch gekrönten Kaisers Joseph II. Der beschneidet die Kirche in ihrer Macht und versucht eine bewusste Annäherung zwischen Adel und Bürgertum – Toleranz statt höfischem Prunk. Das gefällt Mozart, und Mozart gefällt Joseph II. Die »Entführung aus dem Serail« entsteht als nationales Singspiel im direkten Auftrag des Kaisers und ebnet den Weg für Mozarts anhaltenden Erfolg mit den Opern »Die Hochzeit des Figaro«, »Don Giovanni« und »Cosi fan tutte«. Joseph II. stirbt 1790, und auch Mozarts Gönner bei Hofe werden ausgetauscht. Die Auftragslage wird zusehends magerer. Doch auf dem Tiefpunkt kommt Rettung durch die »Zauberflöte«, Mozarts größtem Erfolg. Sein plötzlicher Tod Ende 1791 ereilt ihn demnach nicht in völliger Verarmung – er wurde auch nicht von Antonio Salieri vergiftet -, sondern Mozart stirbt als angesehener Künstler und Wiener Bürger.
Das Leben in Wien am Ende des 18. Jahrhunderts wird in dem Film durch Gemälde und Kupferstiche der Zeit vermittelt, kombiniert mit Aufnahmen aus dem heutigen Wien, das noch immer den Geist der Kaiserzeit ausstrahlt. Briefzitate von Mozart lassen die wechselnden Gemütslagen des Künstlers spürbar werden. Interviews mit herausragenden Mozart-Interpreten wie Thomas Quasthoff, Peter Sellars oder Daniel Barenboim zeichnen ein sehr persönliches Bild des Komponisten.
